Passando al piano superiore, si accede a un ambiente aperto verso la Sala La Nuza, dove viene presentata una raccolta di dipinti che spazia dalla fine del XV al XIX secolo. Si segnalano la preziosa Madonna con il bambino dormiente (che sarà parte del Museo a breve), olio su tavola della bottega del fiammingo Joos Van Cleve, e la Madonna col bambino riferita all'ambito del van Dyck. Particolare rilevanza per la storia decorativa della chiesa del Gesù, colpita dal bombardamento del 1943, assume il bozzetto della volta con Sant'Ignazio di Loyola che riceve il vessillo IHS dal Signore e la Chiesa nella sua funzione docente, del pittore Filippo Randazzo (1692-1744). All'interno delle teche sono esposte le più significative suppellettili liturgiche in argento, come il monumentale Ostensorio dell'orafo Antonio Nicchi (1736) con la statuetta del fondatore dell'Ordine; calici in argento. Una pisside di Sebastiano Juvarra. Si segnalano la Croce reliquario in cristallo di rocca del primo Seicento.
