Prima di arrivare alla balaustra si trovano a sinistra e a destra due cappelle dedicate ai due santi principali della Compagnia di Gesù: Sant’Ignazio di Loyola, fondatore principale dell’Ordine e San Francesco Saverio, missionario dell’Estremo oriente.
Sulla volta del braccio sinistro del transetto vengono raffigurati l’Annuncio del profeta Natan al re Davide della costruzione del Tempio di Gerusalemme (2 Sam 7,13) e la sua costruzione da parte di Salomone (1 Re 9,3). Nel braccio destro invece vengono raffigurati Ciro, re di Persia, che concede ai Giudei di riedificare il Tempio con un editto alla fine della loro deportazione in Babilonia (1 Esd 1,2), e Dario, figlio di Ciro, che, con la destra alzata in segno di giuramento sulle pergamene paterne, riconferma l’editto (Esd 6,12).
Le opere sono di Gaspare Serenario eseguite nel 1750, anche se buona parte ridipinte o rifatte dopo il bombardamento del 1943.
Nelle due cappelle vi è al centro di un timpano spezzato, sopra la trabeazione, un’imponente statua in stucco. Nella cappella di Sant’Ignazio vi è raffigurato Papa Paolo III, che diede la prima approvazione della regola della nascente Compagnia di Gesù. Nella cappella di San Francesco, invece, vi è raffigurato Gregorio XV, che canonizzò i due santi
La scultura al centro della cappella di Sant’Ignazio, alta m. 3,70, è stata invece realizzata nel 1857 ed è simile a quella che si trova nella navata centrale della basilica di San Pietro a Roma. La scultura raffigura Sant’Ignazio che schiaccia con il piede Lucifero, personificazione dell’eresia, il quale viene ridotto all’impotenza.
La tela al centro della cappella di san Francesco Saverio raffigura il santo che mostra il crocifisso alle tante persone dell'India (in fondo si intravede Gesù crocifisso), che nel '500 abbracciarono la fede cattolica, grazie alla sua predicazione.
In basso a sinistra si trova un reliquario, contenente una parte del braccio destro di san Francesco Saverio, quel braccio che ebbe difficoltà ad alzare per le tante persone che battezzò.
